UPTD SPF SD Negeri Mintaragen 9 Kota Tegal berdiri pada tanggal 1 Maret 1982 berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Tengah Nomor 42.2/034/II/55/85. Pada masa pendiriannya, sekolah ini bernama SD Mintaragen 10 dan merupakan pengganti dari Sekolah Dasar Halmahera II yang terletak di Jalan Halmahera, Kelurahan Mintaragen. Pada tahun 1998, status dan nama sekolah mengalami perubahan melalui Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Tengah Nomor 421.2/04897/98 tanggal 8 Agustus 1998. Nama sekolah resmi berganti menjadi UPTD SPF SD Negeri Mintaragen 9 Kota Tegal dengan lokasi tetap di Kelurahan Mintaragen, Kecamatan Tegal Timur, Kota Tegal, Jawa Tengah.